バイオインフォマティクス

バイオインフォマティクス共有リソースは、大規模で複雑なデータセットを生成する他の共有リソースと緊密に連携します。 生物統計共有リソースの教員は、補完的な専門知識を提供し、データ分析を支援します。 リソースディレクターは、ユーザーと協力して実験計画法、データ分析と解釈の新しい方法の開発、治療知識の統合、出版物の助成金の作成とデータ処理の支援を行います。

UNM Cancer Centerの研究者が使用する革新的な技術のいくつかのタイプは、分析のための専門的な専門知識、計算リソース、およびソフトウェアを必要とする大きくて複雑な高次元データを生成します。 これらには以下が含まれます

  • 次世代シーケンシング(NGS)研究、
  • ケモインフォマティクス、ターゲット分析および薬物情報学と組み合わせたハイスループット薬物スクリーニング(HTS)、および
  • 定量的およびハイパースペクトル技術を含む超解像顕微鏡法。
バイオインフォマティクス画像

高品質で専門的で費用効果の高いデータ分析ソリューションへのアクセスを提供することは、ユーザーが生成されたデータを最大限に活用できるように、最先端の計測およびラボ技術をユーザーが利用できるようにすることと同じくらい重要です。

世界 バイオインフォマティクスと高次元データ分析共有リソース UNMがんセンターの研究プログラムの目標をサポートし、UNMがんセンターの集水域で革新的な基礎および翻訳がん研究を促進する方法で、これらの複雑なデータセットを利用するために必要な専門知識と技術をUNMがんセンターのメンバーに提供します。

バイオインフォマティクスツールを使用する

バイオインフォマティクス共有リソース

ヤン・グオ博士

バイオインフォマティクス共有リソースディレクター
オフィス:505-925-0099
郭博士にメール

ジェレミー・エドワーズ博士

副理事

チューダーオプレア、MD、PhD

副理事

Olufunmilola(Mary)Oyebamiji、MS

バイオインフォマティシャン、データ分析

Jiapeng He、MS

バイオインフォマティシャン、データ分析

キャスリン・ブレイヤー博士

バイオインフォマティシャン、データ分析
サポート 分析および翻訳ゲノミクス

がん研究施設(CRF): 100階、XNUMXA号室

この共有リソースの使用を認めるには、出版物に以下を含めてください。

この研究は、UNM包括的がんセンターサポート助成金NCIP30CA118100およびバイオインフォマティクスと高次元データ分析の共有リソースによって部分的にサポートされていました。

バイオインフォマティクスの目標

XNUMXつのUNMがんセンター研究プログラムをサポートするために、費用効果の高いサービス、テクノロジー、機器、専門知識を介して、情報学、分析、および知識管理のサポートを提供します。

  • 優れた学際的研究を促進する
  • ニューメキシコ州の癌に寄与する遺伝的およびその他の要因の発見をサポートします

UNM CancerCenterの研究ニーズに合わせたカスタムバイオインフォマティクスツールとパイプラインを開発します。

  • 優れた学際的研究を促進する
  • ニューメキシコ州の癌に寄与する遺伝的およびその他の要因の発見をサポートします

教育を提供し、バイオインフォマティクス技術とサービスについての認識を促進します。

  • がん労働力の教育と訓練を促進する

教職員

郭画像ヤン・グオ博士

バイオインフォマティクスおよび高次元データ分析共有リソースのディレクター
分子医学の准教授および寄贈教授

がん研究施設、100A室
505-272-3718
YanGuo博士に電子メールを送る

教育、訓練

サウスカロライナ大学バイオインフォマティクスに焦点を当てたPhDComputer Science
サウスカロライナ大学修士課程
ミネソタ大学、日本語副専攻、理学士

研究テーマ

ゲノムおよび遺伝学研究のためのバイオインフォマティクス方法論および分析アプローチの開発。

エドワーズ画像ジェレミー・エドワーズ博士

バイオインフォマティクスと高次元データ分析共有リソースの共同ディレクター
化学およびケミカルバイオロジーの教授
化学生物工学教授
分子遺伝学および微生物学の教授

がん研究施設117号室
505-272-5465
エドワーズ博士に電子メールを送る

教育、訓練

ハーバード大学医学部遺伝学博士研究員
カリフォルニア大学サンディエゴ校博士号バイオエンジニアリング
カリフォルニア大学サンディエゴ校修士課程
テキサス大学アーリントン校で理学士号を取得。

研究テーマ

バイオインフォマティクス、ゲノム技術、次世代シーケンシング技術、システム生物学、シグナル伝達経路の空間的調節。

Oprea画像チューダーオプレア、MD、PhD

バイオインフォマティクスと高次元データ分析共有リソースの共同ディレクター
内科翻訳情報学科教授兼主任
Dr.Opreaに電子メールを送信

研究テーマ

ケモインフォマティクス、ターゲット分析とファーマコインフォマティクス、データマイニングと分析、臨床薬物特性、および競合薬物インテリジェンス。

教育、訓練

数理生物学のロスアラモス国立研究所でのポスドク研修、AngelGarcía
ワシントン大学分子設計センターでのガーランド・マーシャルによるポスドク研修
MD、ルーマニア、ティミショアラの医学薬学大学
ルーマニア、ティミショアラの医学薬学大学博士号

郭研究所

バイオインフォマティクスは、生物学、コンピューターサイエンス、生物統計学の概念とスキルを組み合わせて、大規模で複雑な生物医学研究の問題を解決する学際的な分野です。 私たちのラボでは、バイオインフォマティクス、データマイニングのゲノム研究、機械学習、高スループットのゲノムデータ品質管理を行っています。 当社のバイオインフォマティクス共有リソースは、ニューメキシコ大学総合がんセンター以降のバイオインフォマティクスサポートも提供します。

Yan Guo、PhD、アソシエイトおよび寄贈教授ディレクター、バイオインフォマティクス共有リソース
CV | メールを送信

Hui Yu、PhD、リサーチフェロー
CV | メールを送信

Olufunmilola(Mary)Oyebamiji、研究員
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Jiapeng He、研究科学者
CV | メールを送信

Limin Jiang、客員研究員
CV | メールを送信

リソースリンク

UCLAの統計コンサルティンググループ:一般的な統計ソフトウェアパッケージのリソースと統計概念のチュートリアル

SWOGの統計ツール:サンプルサイズと簡単な分析ソフトウェア

バイオコンダクター:バイオインフォマティクス用のオープンソースソフトウェアで、ハイスループットゲノムデータの分析と理解のためのツールを提供します。 R 統計プログラミング言語。

PLINK:遺伝子型/表現型データの分析に焦点を当てた無料のオープンソース全ゲノム関連解析ツールセット。

PLINK / SEQ:大規模なリシーケンシングおよびジェノタイピングプロジェクト、特に全ゲノムおよび全ゲノム研究からの変動データの分析ツール開発のためのプラットフォームを提供するオープンソースのC / C ++ライブラリ。

METAL: 複数の研究にわたる検定統計量と標準誤差またはp値を組み合わせることにより、ゲノムワイド関連スキャンのメタ分析のためのツール。

赤紫色:事前定義された生物学的プロセスまたは機能的に関連する遺伝子のセットにおける遺伝的関連の濃縮をテストする計算ツール。

IMPUTE2:遺伝子型インピュテーションおよびハプロタイプフェージングプログラム

次世代ゲノムシーケンシング研究における遺伝子変異同定のためのソフトウェア ハイスループットシーケンシングデータからの遺伝的変異の機能アノテーションのためのツール 次世代シーケンシングデータを分析するためのソフトウェアのより完全なリストが利用可能です。

http://seqanswers.com/wiki/Software/list

以下は、Bioinformatics SharedResourceが管理している無料で利用できるオンラインリソースです。 これらは、すべてのUNM CancerCenterメンバーが利用できます。