バイオインフォマティクスとデータサイエンス

UNMCCC バイオインフォマティクス & データ サイエンス (BDS) 共有リソースは、包括的な計算および分析サービスを提供することにより、がんの基礎研究、トランスレーショナル研究、臨床研究をサポートします。

これらのサービスには以下が含まれます

  • 研究設計と開発、
  • 次世代シーケンシング（NGS）データ解析、
  • 単一細胞および空間トランスクリプトミクス、
  • ケモインフォマティクス、
  • がん情報科学、そして
  • 高度な統計およびデータ サイエンスの方法論。
バイオインフォマティクス画像

BDSのメンバーは、 分析および翻訳ゲノミクス と 生物統計学 NGS やその他のゲノムおよびトランスクリプトミクス データからの知識の獲得を強化するための共有リソース。

BDS共有リソース

  • データストレージ、高性能コンピューティング、クラウドベースのソリューション（NIH STRIDESプログラムによるAWS統合を含む）のための重要なインフラストラクチャを提供し、
  • CRIIS を管理しています。CRIIS は、臨床、ゲノム、腫瘍登録、社会人口統計データを統合した独自の癌情報プラットフォームで、UNMCCC とニューメキシコ州の支援を受けて地元のデータ分析会社と共同で開発されました。

バイオインフォマティクス共有リソース

ジェレミー・エドワーズ博士

共同ディレクター

エドワーズ博士にメールを送信

クリス・エイモス博士

共同ディレクター

キャスリン（チャーリー）ブレイヤー博士

バイオインフォマティシャン、データ分析

オルフンミロラ (フンミ) オエバミジ、ミシシッピ州

バイオインフォマティシャン、データ分析

イニゴ・サン・ギル博士

ITサービススペシャリスト

シャオ・シャンジュン、MS

シニアデータサイエンティスト

がん研究施設（CRF）： 100階、XNUMXA号室

この共有リソースの使用を認めるには、出版物に以下を含めてください。

この研究は、UNM包括的がんセンターサポート助成金NCIP30CA118100およびバイオインフォマティクスと高次元データ分析の共有リソースによって部分的にサポートされていました。

バイオインフォマティクスとデータサイエンスの具体的な目標

目的 1: コスト効率の高いサービス、テクノロジー、機器、専門知識を通じて、情報科学、分析、知識管理のサポートを提供し、3 つの UNMCCC 研究プログラムをサポートします。

BDSの優先事項は、UNMCCC加盟国に複雑かつ高次元のデータ分析に関する専門知識を提供し、UNMCCCの3つの研究プログラムの研究目標を達成するために必要なソフトウェア、計算ニーズ、そして統合的な知識をサポートすることです。ゲノミクス、特に空間ゲノミクスの進歩に伴い、BDSは複雑なオミクスデータの解析ニーズの増大を予測しています。

BDSは、ATGおよび生物統計共有リソース（Biostatistics Shared Resources）と連携した協働モデルを用いて、研究者が研究を設計し、複雑かつ専門的なデータを分析するための費用対効果の高い手段を提供し、専門的なデータ分析手法や機能に関する情報へのアクセスを提供します。さらに、BDSはUNMCCC加盟国に対し、CRIISへのアクセス管理とCRIISの利用に関する研修を実施し、データ分析と解釈に関する助言を提供します。

目的 2: UNMCCC の研究ニーズに合わせてカスタマイズされたバイオインフォマティクス ツールとパイプラインを開発する。

BDSは、特に空間生物学分野において、がんセンター関係者のニーズに密接に合致するツールの開発を継続します。さらに、BDSは、識別可能な患者の健康情報とUNMCCCが生成するゲノムデータを安全に分析、保管、配信できるプラットフォームを開発することにより、CRIISの有用性を高める上で重要な役割を果たします。

目的 3: バイオインフォマティクス技術とサービスに関する教育を提供し、認知度を高める。

BDSディレクターは、BDSのサービスと技術を紹介・解説する四半期ニュースレターに寄稿し、複雑なデータや高次元のデータ解析を伴う競争的助成金申請書の作成においてユーザーを支援しています。ディレクターは、研究プログラムやその他のUNMCCC会議に出席し、BDSで利用可能な技術とサービスに関する専門知識、助言、情報を提供するとともに、バイオインフォマティクスに関する新たなアプローチや方法論の最新情報を提供しています。エドワーズ・ディレクターは、ニューメキシコ大学工学部が提供するバイオインフォマティクス大学院プログラムに深く関わっており、大学院生向けのコアコースでバイオインフォマティクスの講義も行っています。

教職員

エドワーズ画像ジェレミー・エドワーズ博士

バイオインフォマティクス＆データサイエンス共有リソースの共同ディレクター

化学およびケミカルバイオロジーの教授

化学生物工学教授

分子遺伝学および微生物学の教授

教育・トレーニング

ハーバード大学医学部遺伝学博士研究員

カリフォルニア大学サンディエゴ校博士号バイオエンジニアリング

カリフォルニア大学サンディエゴ校修士課程

テキサス大学アーリントン校で理学士号を取得。

研究テーマ

バイオインフォマティクス、ゲノム技術、次世代シーケンシング技術、システム生物学、シグナル伝達経路の空間的調節。

アモス・クリス-600px.jpgクリストファー・エイモス博士

HSCデータサイエンスイニシアチブ責任者

UNMCCC人口・データサイエンス担当副ディレクター

バイオインフォマティクス＆データサイエンス共有リソースの共同ディレクター

ニューメキシコ大学内科、疫学・生物統計学・予防医学部門教授

教育・トレーニング

医学遺伝学専門医

国立衛生研究所における研究所間医学遺伝学研修プログラムにおける博士研究員研修

ルイジアナ州立大学医療センター、生化学および遺伝学博士

ルイジアナ州立大学医療センター、生体測定学および遺伝学修士

リード大学理学士。 

研究テーマ

エイモス博士は、そのキャリアの多くを、一般的な癌の病因の根底にある遺伝的および環境的影響を理解するための方法の開発と実装に注力してきました。