分析および翻訳ゲノミクス

ATGは、ニューメキシコ大学（UNM）および関連機関のすべての研究者がアクセスできます。ただし、P30CA118100の引用を明記し、ATGと、データの作成に使用された他のUNMCCC共有リソースについても言及することが必須です。

私たちの貢献を認めるために、原稿の謝辞のセクションに次の文章を含めていただきますようお願いいたします。

この研究は、UNM総合がんセンター支援助成金NCI P30CA118100から一部資金提供を受け、分析およびトランスレーショナルゲノミクス共有リソースを活用しました。.

主要なサービス、テクノロジー、設備

ハイスループット DNA-seq および RNA-seq。 ATGは、Singular Genomics G4シーケンサーを用いた全ゲノムシーケンシング、バルクRNA-seq、ChIP-seq、RIP-seq、エクソーム、およびsmall RNA解析を提供しています。開始材料としては、細胞、唾液、血液、FFPEまたは新鮮凍結病理サンプルなどが利用可能です。 

10x Genomics シングルセルシーケンス。 ATG スタッフは、10x Genomics Chromium コントローラー、Countess II 自動細胞カウンター、および単一細胞懸濁液を作成する Miltenyi gentleMACS Octo Dissociator を併用してサンプルを準備し、DNA および RNA の NGS 用の NGS ライブラリを構築します。

全トランスクリプトームおよび標的遺伝子発現解析のための 10x Visium-HD および Xenium in situ。 ATGは、ヒト組織リポジトリ＆組織分析（HTR-TA）共有リソースとの提携により、10x GenomicsのVisium-HDおよびXenium in situ空間遺伝子発現技術を用いて、新鮮凍結組織およびFFPE組織の空間的全トランスクリプトーム解析を提供しています。Visium HD空間遺伝子発現技術は、組織切片全体の完全なトランスクリプトームを描写し、形態学的コンテキストと高い細胞分解能を提供します。Xenium in situは、HTR-TAとの共同研究により得られたサンプル調製により、同一組織切片内で最大5,000個の遺伝子と多重タンパク質のハイスループット細胞内マッピングを可能にします。

NGS データ分析、scRNA-seq、および生物統計学およびバイオインフォマティクス & データ サイエンス (BDS) 共有リソースとのやり取り。 ATGは、生物統計部門およびBDS共有リソースと連携し、G4-Singularデータの品質管理分析を確立し、DNAサンプルからの一塩基変異（SNV）検出、遺伝子発現解析、RNAからの変異解析、scRNA-seqデータ、RNA-seqからの融合転写産物の検出、コピー数変異（CNV）解析などを含むデータ分析パイプラインを開発しています。処理されたファイルは、安全なAWSクラウドアカウントに保存され、ATGスタッフまたはBDSがカスタマイズされたRスクリプトを用いて下流解析に使用します。ATGテクニカルディレクターのBrayerは、上級バイオインフォマティシャンとしての役割に加え、生物統計部門およびBDS共有リソースとの連絡係として、研究デザインとデータ分析の円滑化に貢献しています。

データの保存とコンピューティング。 ATGは、大規模なデータセットを保存・分析できる、HIPAAに準拠しIRB承認済みの安全なAWSアカウントを維持しています。すべてのデータは匿名化され、転送中に暗号化された上で保存されます。アクセス権限を持つのは承認されたユーザーのみであり、二要素認証が必要です。ゲノムデータのセキュリティを確保するため、ATGはNIHゲノムデータ共有ポリシーを条件として、アクセス制御データに関するNIHセキュリティベストプラクティスに定められたポリシーを遵守しています。

他のサービス。 ATGには、Agilent BioAnalyzer、Qubit蛍光光度計、Miltenyi gentleMACs Octo Dissociator（ヒーター付き、組織から単細胞懸濁液を作製するため）、Countess II自動細胞カウンター、ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCRが備わっており、UNMCCCメンバーが自由に利用できます。Qiagen EZ2 DNA/RNA抽出ロボットは、大量の核酸抽出を自動化するために利用可能です。

ATG は次のタイプをシーケンスできます。

• 突然変異または遺伝子変異の検出これには、腫瘍の遺伝子変異レベルの評価、特定の癌または疾患における特定の遺伝子変異の分析、または傷害または治療後の DNA 損傷に対する細胞の反応の評価が含まれます。通常、これは、標的遺伝子パネル配列を使用して癌または特定の疾患に関連する遺伝子を分析することによって実現されます。
• 遺伝子発現研究細胞、組織、オルガノイド、または患者サンプルの転写プロファイリングを、個々の細胞として、またはより大量に行います。
• クロマチン状態分析アッセイの範囲DNAメチル化研究からATACアッセイ、ChIP-seqまで、さまざまな研究ツールが利用可能です。
• 非コードRNAの研究 ncRNA、lincRNA、miRNA、tRNA など。

ケル・クック（メールアドレス) またはキャサリン・ブレイヤー (メール: kbrayer@salud.unm.edu）までご連絡いただき、ご相談のご予約をお願いいたします。

ATGは ILAB 請求のため。

に関する質問について アイラボ または、共有リソースで使用するためのアカウント/PRの設定については、メールでお問い合わせください。 パラクシ・レディ・バンダパリ または505-272-4539呼び出します。

Singular Genomics G4シーケンサー

• 柔軟で高速なペアエンドシーケンサー
• 1.6時間で最大2億の150 x 24 bpの読み取りが可能
• さまざまな読み取り長さに設定可能
• Illumina 機器でシーケンスできるほぼすべてのライブラリと互換性があります。

詳細については： https://www.singulargenomics.com/

10x Genomics Chromium iX について

• 単一細胞シーケンスのために細胞または核を分割する
• RNA、タンパク質、クロマチンを捕捉
• 遺伝子発現、免疫細胞レパートリー、クロマチンアクセシビリティ、CRISPR 摂動のアッセイ
• 入力はアッセイによって異なりますが、生細胞懸濁液、核、固定細胞、凍結組織、FFPEブロックが含まれます。種に依存しないアッセイが利用可能です。

詳細については： https://www.10xgenomics.com/instruments/chromium-x-series

10x Genomics Xenium アナライザー

• 空間トランスクリプトミクスイメージングプラットフォーム
• 細胞レベル以下の解像度
• 最大5,000個の遺伝子を捕捉可能
• さらにカスタマイズ可能な複数のあらかじめ設計された遺伝子パネル（https://www.10xgenomics.com/products/xenium-panels)

詳細については： https://www.10xgenomics.com/platforms/xenium

10x Genomics CytAssist について

• VisiumおよびVisium HD空間トランスクリプトミクスアッセイを容易にします
• FFPEブロックまたはあらかじめカットされたFFPEと新鮮凍結切片から開始する
• H&E染色または免疫蛍光染色切片に対応

詳細については： https://www.10xgenomics.com/instruments/visium-cytassist

• アジレントバイオアナライザ: 最小限の入力で DNA と RNA の品質/量を分析します。(https://www.agilent.com/en/product/automated-electrophoresis/bioanalyzer-systems/bioanalyzer-instrument)
• Qubit II 蛍光計: DNA および RNA の定量化。
• サーモフィッシャー/インビトロジェン カウンテス II: 細胞を数え、サンプル内の生細胞の割合を定量化します。

• Miltenyi Biotec ジェントル MACS Octo 分離装置 ヒーター付き: 単一細胞シーケンスの前に組織サンプルを分離します。
• キアゲン EZ2: 自動化された DNA および RNA 抽出。
• ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR。 96 ウェル ブロックと 384 ウェル ブロックの両方を備えたリアルタイム PCR システムにより、遺伝子発現解析の柔軟性と容易さが向上します。

特定の機器は、UNM コミュニティの資格を持ち、訓練を受けたメンバーが使用できます。共有機器は通常の勤務時間中、および特別な手配により他の時間帯でも使用できます。アッセイと価格の詳細については、ATG 施設のスタッフにお問い合わせください。